악몽과 비극적 상처를 가슴에 안고 유령처럼 숨어서 사는 엘 마리아치는 CIA 요원 샌즈(죠니 뎁)가 찾아오면서 세상 속으로 눈을 돌리게 된다. 부패하고 타락한 요원 샌즈는 멕시코 대통령을 암살하고 쿠데타를 일으키려는 음모를 저지시키기 위하여 엘 마리아치를 끌어들인 것이다. 그러나 그가 샌즈의 요청에 순순히 응한 건 대통령을 구하려는 정치적인 목적 때문만은 아니다. 암살 음모를 주도하는 마약 무기 밀매 조직의 두목 바리요(윌렘 데포)의 행동대장 격으로 고용된 마르께즈 장군과의 끝없는 악연이 그로 하여금 다시 총을 잡게한 것이다.
한편, 멕시코의 특수요원 아헤드레즈(에바 멘데스)는 샌즈를 비롯한 외부 세력들이 멕시코 안에서 벌이고 있는 첩보 활동에 협력자로 가세한다. 문제는 샌즈를 비롯하여 샌즈가 고용한 전직 FBI 요원조차 아헤드레즈가 바리요의 딸이라는 사실을 모르고 있다는 점. 분노의 선율 속에서 펼쳐지는 비장미 넘치는 액션, 과연 엘 마리아치는 쿠데타 음모를 막고 사랑했던 카롤리나와 딸의 복수 또한 성공적으로 완수할 수 있을 것인가!